Koko mendapat nama saintifiknya Theobroma cacao daripada kepercayaan keagamaan orang-orang Maya dan Aztec. Theobroma bermakna makanan dewata. Kedua-dua kaum, Maya dan Aztec mengaitkan koko dengan Ek Chuah, tuhan perdagangan, sementara Aztec pula dikaitkan dengan Quetzalcoatl, Tuhan pencipta dan penyedia pertanian.